解压文件
执行如下命令,解压gaussian09软件包到/public/software目录下面,得到目录/public/software/g091
tar -zxvf g09_linux.tgz /public/software/
具体解压路径可以根据自己的实际情况进行更换,例如也可以安装到/usr/local/目录下面,若是希望进行并行化运行,那么最好安装到分布式文件系统目录中。
修改环境变量文件
设置环境变量
如果是root用户,安装后希望所有用户都可以使用该软件,则在/etc/profile.d/目录中添加g09.sh文件,并输入如下内容:
如果是普通用户,则在用户的主目录/home/username/.bashrc文件的结尾处如下内容:1
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7#Gaussian 09
export PATH=/public/software/g09:$PATH
export g09root=/public/software/g09
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=$g09root/scratch
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$g09root/
source $g09root/bsd/g09.profile
其中/public/software/g09是gaussian软件的解压目录,将所有的/public/software/g09替换为自己的安装目录即可。
设置csh文件
如果是root用户,安装后希望所有用户都可以使用该软件,则在/etc/profile.d/目录中添加g09.csh文件,并输入如下内容:
如果是普通用户,则在用户的主目录/home/username/.cshrc文件的结尾处如下内容:
1 | #For gaussian 09 |
将node181 - node189修改为需要并行运行Gaussian09的机器的主机名
修改文件夹权限
将gaussian09的安装目录的权限修改为7101
chmod -R 710 /public/software/g09
并将该文件夹的属主和用户组修改为需要执行gaussian09的用户组1
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5chown -R users /public/software/g09
#将users修改为自己的用户名
chgrp -R users /public/software/g09
#将users修改为自己的用户组
#可以通过执行id命令,输出结果中的groups信息得到
进入gaussian09的安装目录,然后创建文件夹scratch,并赋予权限1
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3cd /public/software/g09
mkdir scratch
chmod -R 777 scratch
进入gaussian09安装目录,然后修改bsd文件夹的权限1
chmod -R 755 /public/software/g09/bsd
进入gaussian09安装目录,然后修改tests文件夹的权限1
chmod -R 777 /public/software/g09/tests
试运行
1 | g09 < /public/software/g09/tests/com/test0001.com |
输出结果如下:
若看到如下输出,则就是正确安装了。1
Normal termination of Gaussian 09 at Sat Jun 3 16:36:49 2017.
1 | [zhangchi@node307 g09]$ g09 < ./tests/com/test0006.com |
配置Linda
将/public/software/g09/linda8.2/common/lib/tsnet.config中的rsh改为ssh1
Tsnet.Node.lindarsharg: rsh
修改为1
Tsnet.Node.lindarsharg: ssh